התכנון נעשה מתוך כבוד והערכה למבנים הוותיקים בעלי האופי הייחודי, בשילוב אלמנטים מודרניים המתאימים לצרכים עכשוויים. זאת, במטרה ליצור רצף בין המבנים ההיסטוריים למבנים החדשים, שעוצבו כחוליות מקשרות בין חדש לישן.
תחנת "יקנעם-כפר יהושע", התחנה המיתולוגית של רכבת העמק, ממוקמת בסמוך לתחנה ההיסטורית הישנה ונבנתה בהשראתה עם מבט לסגנון העיצובי ולארכיטקטורה הטמפלרית ההיסטורית. בתחנה החדשה אף הוקם מגדל מים חדש, שתוכנן בדומה למגדל המים ההיסטורי המקורי, ששימש בעבר למילוי קטרי הקיטור של רכבת העמק ועדיין עומד בתחנת הרכבת ההיסטורית הסמוכה. לצד התחנה, שיקמה חברת "נתיבי ישראל" את שרידי מסילות הברזל והעץ הישנות, אותן ניתן לראות בשטח, לשבת על ספסלים לצדן וליהנות מהנוף.
על פי התכנית של חברת "נתיבי ישראל", 60 הקילומטרים של מסילת הברזל יאפשרו להגיע מעמק בית שאן לחיפה תוך כ-50 דקות. במסגרת העבודות, מוקמים 26 גשרים באורך כולל של 5.5 ק"מ, חניונים, מעברים חקלאיים, גשרים להולכי רגל, מתבצעות עבודות שיקום נופי נרחבות, עבודות תשתיות חשמל, תאורה ותקשורת. הקמת רכבת העמק תצמצם באופן משמעותי את תנועת כלי הרכב והמשאיות במערכת הכבישים ובכך היא גם תקטין את תאונות הדרכים.
